Chociaż już prawie od roku rozliczanie faktur przy pomocy mechanizmu split payment stało się obowiązkiem w określonych przypadkach, to po dziś dzień pozostaje wiele nierozwiązanych kwestii praktycznych przy próbach jego zastosowania.  

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach orzekł, że okazanie faktury nie jest materialnoprawną przesłanką odliczenia kosztu od przychodu. Najistotniejsze jest to czy poniesienie kosztów w celu uzyskania przychodu rzeczywiście zaistniało. Tym samym sąd stwierdził, iż w przypadku braku faktury bądź jej nierzetelności organy podatkowe nie są zwolnione z powinności ustalenia prawdy materialnej zaistniałej transakcji.