Zgodnie z utrwalonym orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) zasada neutralności podatkowej w zakresie VAT wymaga, aby odliczenie podatku naliczonego zostało przyznane, jeżeli zostały spełnione wymogi materialne, nawet wówczas, gdy niektóre wymogi formalne zostały pominięte przez podatników (wyroki: z dnia 12 lipca 2012 roku, EMS‑Bulgaria Transport, C‑284/11, EU:C:2012:458, pkt 62 i przytoczone tam orzecznictwo; a także z dnia 28 lipca 2016 roku, Astone, C‑332/15, EU:C:2016:614, pkt 45).
Powyższy pogląd został ponownie potwierdzony w wyroku TSUE z dnia 19 października 2017 roku w sprawie C-101/16 (Wyrok). Odmowa prawa do odliczenia VAT powinna być stosowana wyjątkowo i dotyczyć jedynie oszustw podatkowych, a nie faktycznych transakcji biznesowych.
W treści wyroku TSUE uznał, iż fiskus nie może zakładać iż dana transakcja wiązała się z oszustwem tylko dlatego, że usługodawca spółki nie składał deklaracji VAT, przez co najpierw został uznany za nieaktywnego przedsiębiorcę, a w następstwie tego wykreślony z rejestru podatników czynnych VAT.
Zgodnie z poglądem TSUE sam fakt, iż podmiot został wykreślony z danego rejestru lub też fakt, iż nie składa on stosownych deklaracji, nie pozwala fiskusowi na pozbawienie jego kontrahentów prawa do odliczenia podatku.
Niemniej jednak, polskie organy podatkowe masowo interpretują analogiczne sytuacje w sposób negatywny dla podatnika i w rezultacie bardzo często mamy do czynienia z postępowaniem karnym w związku z popełnieniem przestępstw z art. 76 Kodeksu karnego skarbowego.
Polega to na błędnym przyjęciu, iż zostały podane przez przedsiębiorcę informacje niezgodne ze stanem rzeczywistym, a w rezultacie nastąpiło wprowadzenie w błąd właściwego organu.
Konsekwencją tego jest sytuacja w której szereg przedsiębiorców rezygnuje z przysługującego im prawa do odliczenia VAT celem albo uniknięcia sporu albo natychmiastowego zakończenia sporu z organami skarbowymi w obawie również przed odpowiedzialnością karno skarbową.
W sytuacji w której przedsiębiorca nie wykorzystuje faktur nierzetelnych nie występuje zagrożenie odpowiedzialnością karno skarbową, której po wejściu zmian kodeksu karno skarbowego w 2017 roku wiele osób się obawia.
TSUE natomiast wskazuje, iż ograniczanie zasady neutralności VAT, jako podstawowej zasady konstrukcji tego podatku powinno być stosowane jedynie w wyjątkowych przypadkach, a nie powszechnie. Dodatkowo prawo to musi być uwzględnione jeśli są spełnione przesłanki materialne, nawet jeśli nie zostały spełnione wymogi formalne.