Według założeń resortu nowa Ordynacja podatkowa ma wyważyć interes podatnika oraz interes publiczny (w praktyce interes Skarbu Państwa). Uzasadnienie przekonuje ponadto, że obowiązująca od 1997 r. ordynacja jest przestarzała i nie odpowiada obecnym potrzebom i standardom. Podkreślono także wielokrotne nowelizacje tej ustawy, które jednak nie spowodowały znacząco lepszej jakości.
Kolejne założenie to zwiększenie zaufania podatników do organów podatkowych. Mają temu służyć ugodowe sposoby rozwiązywania sporów (mediacja). Kolejna nowość idąca w tym kierunku to tzw. procedura konsultacyjna.
Według uzasadnienia celem nowej Ordynacji Podatkowej jest również uproszczenie postępowań. W tym celu założono eliminację postępowań dotyczących kwot do 50 zł. (możliwość niewszczynania postępowania lub umorzenia wszczętego).
Nowa Ordynacja Podatkowa tworzy też pewne nowości o charakterze instytucjonalnym – Rzecznik Praw Podatnika i Centrum Kompetencyjne Podatków Lokalnych. Rzecznika powoła prezes rady ministrów na wniosek ministra finansów. Taka procedura wyboru może stwarzać uzasadnione wątpliwości co do bezstronności Rzecznika.
Z inicjatywy Ministerstwa Finansów zaproponowano również zasadę racjonalnego stosowania prawa. Założenie wydaje się tutaj obiecujące, jednak w praktyce ta zasada może obowiązywać bardziej teoretycznie niż realnie.