W konsekwencji pojawiły się również pierwsze orzeczenia Wojewódzkich Sądów Administracyjnych – dotyczące w większości przypadków zaskarżania postanowień w przedmiocie odmowy interpretacji. Sądy potwierdzają, że organ wydający interpretację indywidualną nie jest uprawniony do wypowiadania się czy w konkretnym stanie faktycznym znajdzie zastosowanie postępowanie klauzulowe.
Co więcej, w dniu 16 grudnia 2016 r. została wydana odmowa wydania opinii zabezpieczającej dotycząca transakcji połączenia spółek. Szereg argumentów zawartych w przedmiotowym dokumencie stanowi wskazówkę dla rozumienia przez organy podatkowe przepisów klauzuli. Minister Finansów i Rozwoju uznał dokonane w przedstawionym zdarzeniu czynności za jeden ciąg czynności w rozumieniu przepisów klauzuli. Odnosząc się jednak do celu zrealizowanej czynności, Minister podzielił przedmiotowe czynności na poszczególne etapy, odnosząc się osobno do ich biznesowych celów a nie ciągu czynności jako całości. Powyższe działanie może wzbudzać wątpliwości z perspektywy przepisów klauzuli. Z treści odmowy można wywnioskować m.in. że organy podatkowe przywiązują wagę do kwotowego zestawienia korzyści podatkowych i nie-podatkowych, wynikających z danej czynności, na potrzeby oceny, czy czynność została przeprowadzona przede wszystkim w celu osiągnięcia korzyści podatkowej.
Stosowane działania przez organy podatkowe zmuszają do przyjrzenia się bliżej mechanizmom stosowanym przez przedsiębiorców w ich działalności. Obowiązująca klauzula obliguje do wnikliwej analizy działań przedsiębiorców, którzy są narażeni na liczne kontrole organów podatkowych celem ustalenia prawidłowości przypisanych podatnikowi skutków podatkowych. Podatnik, który nie zadba o dostosowanie struktury prawnej do swoich celów gospodarczych, może być narażony do ustalenia skutków podatkowych w sposób odmienny od tych, które faktycznie założył.
