Po pierwsze interpretacja indywidualna chroni tylko wnioskodawcę. Jest ograniczona tylko do podmiotu, który wnioskuje o jej wydanie. Podatnik może powołać się na zastosowanie się do interpretacji w razie ewentualnych problemów. Natomiast w przypadku zastosowania się do interpretacji np. kontrahenta podatnika taka ochrona nie będzie przysługiwać.
Po drugie interpretacja podatkowa nie ma mocy wiążącej. Zgodnie z polskim prawem podatkowym poszczególne interpretacje podatkowe nie są wiążące dla podatnika jak i organów podatkowych. Dotyczy to również interpretacji ogólnych, które powstają po to, żeby wskazać wykładnię, którą powinni stosować urzędnicy. Jest to zasadnicza słabość polskiego systemu interpretacji podatkowych. Sprawia ona, że przy ich wydawaniu urzędnicy mogą ignorować już obowiązujące interpretacje, które zostały wydane w analogicznych sytuacjach. Co więcej interpretacje podatkowe (zarówno ogólne, jak i indywidualne) mogą zostać zmienione przez ministra finansów, jeśli uzna on, że dane interpretacje są nieprawidłowe.
Po trzecie należy zwrócić uwagę na różną jakość wydawanych interpretacji. Zdarza się, że poszczególne izby skarbowe wydają odmienne interpretacje podatkowe w analogicznych sprawach. Jest to bezpośrednio związane z niejednoznacznością polskich przepisów prawa podatkowego, które zostawiają urzędnikom zbyt duże pole do interpretacji. W konsekwencji dochodzi czasem do sytuacji w których dwie strony tej samej transakcji składają do tej samej izby skarbowej wniosek o wydanie interpretacji dotyczącej tego samego problemu, a urzędnicy wydają dwie, wzajemnie wykluczające się interpretacje.
Końcowo należy stwierdzić, że pomimo tych zauważalnych słabości, interpretacje podatkowe mogą wzmocnić pozycję podatnika w relacji z urzędnikami, rozwiązać jego problemy prawno-podatkowe oraz zabezpieczyć prawidłowość prowadzenia biznesu. Zatem w dzisiejszym systemie interpretacji podatkowych działaniem przezornym i bezpiecznym jest złożenie wniosku o interpretację podatkową.
Autor: 
Rafał Dąbrowski
Starszy Manager w Dziale Doradztwa Podatkowego. Prawnik, Doradca podatkowy, Doradca restrukturyzacyjny. W Russell Bedford odpowiedzialny za Departament Doradztwa Podatkowego. Od 2011 roku zajmuje się doradztwem dla wiodących firm z różnych sektorów gospodarki. W szczególności specjalizuje się w doradztwie dla branży stalowej, paliwowej, budowlanej, transportowej, nieruchomości oraz IT. Prelegent konferencji oraz szkoleń dotyczących prawa podatkowego. Autor licznych artykułów o tematyce podatkowej publikowanych w prasie branżowej.
