Należy jednak zauważyć, że złożenie wniosku o wznowienie postępowania zakończonego decyzja trwałą będzie nieskuteczne, w przypadku gdy uchybimy terminowi do zgłoszenia żądania wznowienia postępowania, który w tym przypadku wynosi 30 dni od dnia publikacji sentencji orzeczenia Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej.
Przesłanki wznowienia postępowania zakończonego decyzją ostateczną opisuje art. 240 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa. Przepis ten wymienia następujące przesłanki pozytywne pozwalające na wznowienie postępowania:
1) dowody, na których podstawie ustalono istotne dla sprawy okoliczności faktyczne, okazały się fałszywe;
2) decyzja wydana została w wyniku przestępstwa;
3) decyzja wydana została przez pracownika lub organ podatkowy, który podlega wyłączeniu stosownie do art. 130–132;
4) strona nie z własnej winy nie brała udziału w postępowaniu;
5) wyjdą na jaw istotne dla sprawy nowe okoliczności faktyczne lub nowe dowody istniejące w dniu wydania decyzji nieznane organowi, który wydał decyzję;
6) decyzja wydana została bez uzyskania wymaganego prawem stanowiska innego organu;
7) decyzja została wydana na podstawie innej decyzji lub orzeczenia sądu, które zostały następnie uchylone lub zmienione w sposób mogący mieć wpływ na treść wydanej decyzji;
8) została wydana na podstawie przepisu, o którego niezgodności z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej, ustawą lub ratyfikowaną umową międzynarodową orzekł Trybunał Konstytucyjny;
9) ratyfikowana umowa o unikaniu podwójnego opodatkowania lub inna ratyfikowana umowa międzynarodowa, której stroną jest Rzeczpospolita Polska, ma wpływ na treść wydanej decyzji;
10) wynik zakończonej procedury wzajemnego porozumiewania lub procedury arbitrażowej, prowadzonych na podstawie ratyfikowanej umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania lub innej ratyfikowanej umowy międzynarodowej, której stroną jest Rzeczpospolita Polska, ma wpływ na treść wydanej decyzji;
11) orzeczenie Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości ma wpływ na treść wydanej decyzji.
Okoliczności, w których można żądać wznowienia postępowania podatkowego można podzielić na te, dotyczące wad samego postępowania jak i te, które są związane z wystąpieniem zdarzeń już po wydaniu decyzji kończącej postępowanie, a potencjalnie mogących mieć wpływ na treść rozstrzygnięcia podjętego przez organ podatkowy. Jedną z takich przesłanek skutkującą możliwością wznowienia postępowania podatkowego (a także postępowania kontrolnego prowadzonego przez UKS) zakończonego decyzją ostateczną jest wydanie przez Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dawniej Europejski Trybunał Sprawiedliwości).
Należy jednak zauważyć, że złożenie wniosku o wznowienie postępowania zakończonego decyzja trwałą będzie nieskuteczne, w przypadku gdy uchybimy terminowi do zgłoszenia żądania wznowienia postępowania, który w tym przypadku wynosi 30 dni od dnia publikacji sentencji orzeczenia Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej.
Opisana procedura wznowienia postępowania zakończonego decyzją ostateczną aktualnie może okazać się skuteczna dla wielu podmiotów, z uwagi na niedawno wydane orzeczenie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 22 października 2015 r., o sygn. akt. C-277/14 (PPUH Stehcemp sp.j. Florian Stefanek, Janina Stefanek, Jarosław Stefanek), w którym Trybunał dotknął problemu ograniczania prawa podatnika do odliczenia podatku VAT naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez podmioty, u których organy podatkowe stwierdziły nieprawidłowości związane z dokonaną dostawą.
Trybunał wskazał, że organy podatkowe nie mogą w sposób generalny wymagać, żeby podatnik badał, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i czy jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT, w celu upewnienia się, że podmioty działające na wcześniejszych etapach obrotu nie dopuszczają się nieprawidłowości lub przestępstwa, albo żeby podatnik ten posiadał potwierdzające to dokumenty.
